不明原因不孕的病因复杂，再这些看似正常的夫妇中，有些夫妇确实是正常的，不孕只是一种随机性的延迟。而另一些夫妇可能存在某种目前常规手段无法检出和验证的病因：

1、 卵泡发育不良：卵泡发育不良导致卵母细胞的受孕能力下降，从而引起不孕。

2、精子和卵子的受精能力障碍：正常的受精需要精卵相互识别后，精子发生顶体反应，穿过透明带与卵母细胞融合，完成受精。目前对精液的检查常局限于形态和活动力，并未对精子的受精功能常规进行检查。卵母细胞透明带上的配体结构异常，也会导致透明带发育的异常，导致精卵结合障碍。

3、 输卵管功能障碍：目前尚无检测输卵管分泌、摄卵、蠕动等方面的监测项目。

4、 宫腔、盆腔隐匿病变：宫腔内的病变，如子宫内膜息肉、粘膜下肌瘤、宫腔粘连等可通过B超检查获知，但如果病变细微，超声检查可能不能发现。由于这些细微病变仍可能引起生育力下降。

5、免疫因素：生殖过程中的许多环节如受精、着床、胚胎发育等都受母体免疫系统的影响。如果免疫功能异常，将会导致受孕失败。

6、 感染：支原体、衣原体阳性者不能作为不孕症的原因。但不明原因不孕患者中支原体感染的概率显著增高。衣原体的亚临床感染持续存在，可引起子宫颈、子宫内膜、输卵管、盆腔等炎症，通过免疫应答、干扰受精卵着床和胚胎植入。因此，支原体、衣原体感染可能是影响受孕力的一个原因。